Secondo quanto dichiarato dal capo di SEGA West Mike Hayes, il recente RPG si spionaggio targato Obsidian non avrà nessun sequel, per un motivo molto semplice. Alpha Protocol non ha ottenuto un gran feedback da parte della stampa specializzata ma soprattutto non ha avuto un buon numero di vendite che permettessero dunque di riservare un budget adeguato allo sviluppo di un secondo capitolo. Hayes continua dicendo che secondo lui la stampa è stata troppo severa con i voti e che il gioco avrebbe meritato sicuramente una maggiore valutazione.